从隋朝大业元年(公元605年)创制科举选士制度以来，为体现其“公平”，科举考试中一直坚持“人不分贫富，地不分南北，唯以文章学问是赖”的原则。但耐人寻味的是，到了朱明王朝，却在科举考试中明确规定，人分南北，卷以率取。为什么明朝科举考试时一反常例，试卷要作南北之分？这还得要从明初的一个小故事说起。
明洪武三十年(公元1397年)，全国举行会试，因这一年是农历丁丑年，故史称“丁丑科会试”。主考官刘三吾、白信蹈等所取宋琮等五十二人，都为南方人。北方士子哗然，称“三吾南人，私其乡”，不满之余，遂纷纷指责其在录取中偏袒同乡，有舞弊之嫌。明太祖下令侍读张信等人对此进行复查，复查结界认为刘三吾并未舞弊违法，原榜维持不变。北方举人不服，上疏朱元璋说，张信与刘三吾互相勾结，故意挑出北方人的劣等卷子送呈皇帝，肆行欺骗。朱元璋大怒，竟处死白信蹈、张信和当科状元等人，刘三吾已八十五岁，以年老免死，革职充军。随后，朱元璋亲自阅卷，钦定任伯安等六十二人为进士，全部是北方人，于同年夏天发榜。
事实上，1397年发生的这次重大科场案件，其实并不是一场真实的科举舞弊和反舞弊事件，其背后有着明朝统治者明确的政治目的。
科举以文取士，久成定制。相对于经济文化较发达的南方而言，北方士人在进士科中，往往居于劣势，而向以“尚文”著称的南方人自晚唐北宋以来，在进士科考中久占压倒优势这已是不争的事实。有人曾做过统计，终明一代，各科状元共八十九人，其中南方籍的就有七十五人，占总数的84.3%；北方籍十三人，其他地区(如中部地区)只有一人。建文年间各科进士共一百零六人，其中南方籍的有八十九人，占总数的83%；永乐年间，各科进士共一千八百十九人，其中南方籍的共有一千五百十九人，也占83%。上述数据都说明了南方士子久执科考试场之牛耳。因此丁丑会试录取的多为南方人并没有什么反常的地方。
再就刘三吾本人而言，他询私舞弊的可能性极小。自从追随朱元璋以来，他就一直受到器重，主持过多种重大典章制度的拟定，是经验丰富、值得朱元璋信赖之人，也的确是比较正派的官僚。《明史》曾称他“为人慷慨，不设私府，自号坦坦翁，至临大节，屹乎不可夺”。而在洪武三十年以前，朱元璋严酷暴虐的面目已暴露无遗。刘三吾亲眼见到众多的元老旧臣如何被加以荒谬的罪名诛杀一空，其手段之残忍、株连之广泛，足令刘三吾等剩下的各级官僚战战兢兢，惟恐祸从天降，已经八十五岁高龄的刘三吾哪里敢为包庇同乡这种不值得的小事去触犯暴君的逆鳞？
上述二理由足以说明，丁丑会试中南北榜事件绝非简单的舞弊与反舞弊结果，其背后尚有其他不为人知的原因。事实上，这是朱元璋笼络北方士人的一种策略，其目的是为了加强中央集权，巩固明王朝的封建统治，而这又是由当时国内政治形势特别是北部边疆的军事形势所决定的。明朝建国以后，国内仍有不少元代遗老眷恋前朝，不愿与朝廷真心合作，民心向背问题仍未完全解决。另一方面，明朝建国后，前元的残余势力仍不断侵扰明朝的北部边疆，并和明朝国内的亲元势力内外呼应，这对于政权初定、脚跟未稳的洪武政权而言，显然是一个不容忽视的问题。尽管朱元璋数次对北方用兵，但这些大规模的军事行动在给北方造成不小的威慑力量的同时，也极易导致北部民众对明中央的离心倾向。这些问题的存在，朱元璋是很清楚的。在采取军事威慑的同时，他也试图通过其他怀柔手段来笼络北方，支持并满足北方士子在科举考试中的要求，便是其中一项重要的举措。
看似反舞弊的丁丑会试科场案，实际上是朱元璋出于“北方人士服属于元较久，虑遗民犹有故元之思”的顾虑，遂“假以科名笼络之”，而生案端。刘三吾坚持“江南本多俊才”，自信并未舞弊，“不悟太祖之意，致惹此祸”。
此事过后的次年，，朱元璋死去，尚未来得及把按地域分配进士名额的想法定为制度。到洪熙元年(公元1425年)，明仁宗“命杨士奇等定取士之额，南人十六，北人十四，后又令南北各退五卷为中卷，南取五十五，北取三十五卷，中取十卷，仍百人为率。”也就是说，明仁宗时期，科举考试录取的进士数开始有了南、北比例，南、北士子根据录取总数按比例分摊录取名额。因为录取进士不仅仅根据考试的成绩，还与考生的籍贯有关，因此考生必须在考卷上注明“南”、“北”字样。由于南方考生在以往科举考试中占有绝对优势，因此分南、北录取，可以保证北方一定的录取名额，无疑对北方考生是有利的，因此受到北方考生的欢迎。史载“往年北士无入格者，故怠惰成风；今如是，则北方学者亦感奋兴起矣”。明仁宗时期的这次南、北分别录取可以视作会试中卷分南北、分区取士制的开始。自此以后，科举考试中开始实行南北方举子分卷，直至清朝依然袭用这一方法，并在此基础上有所发展。